ผาณิต นิติทัณฑ์ประภาศ เริ่มรับราชการเมื่อวันที่ 14 มกราคม พ.ศ. 2508 ในตำแหน่งพนักงานงบประมาณตรี สำนักงบประมาณ และได้โอนมาสังกัดสำนักงานปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี ในปีต่อมา และได้ก้าวหน้าในหน้าที่การงานเรื่อยมาจนได้รับตำแหน่งผู้อำนวยการกองแผนงานและวิชาการ สำนักงานปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี ในปี พ.ศ. 2521 เป็นผู้ช่วยปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี และผู้ตรวจราชการสำนักนายกรัฐมนตรี ในปี พ.ศ. 2530 และได้รับตำแหน่งรองปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี ในปี พ.ศ. 2538 จนกระทั่งเมื่อวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2542 จึงได้รับโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเป็นปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี[2]

ต่อมาในรัฐบาลของพันตำรวจโททักษิณ ชินวัตร จึงได้ถูกย้ายมาดำรงตำแหน่งเลขาธิการคณะกรรมการจัดระบบการจราจรทางบก สำนักงานคณะกรรมการจัดระบบการจราจรทางบก ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2544[3] เป็นปลัดกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ ในปี พ.ศ. 2545 จนเกษียณอายุราชการในปี พ.ศ. 2546

ต่อมาเมื่อวันที่ 13 ตุลาคม พ.ศ. 2551 จึงได้รับโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเป็นผู้ตรวจการแผ่นดิน[4] และเป็นประธานผู้ตรวจการแผ่นดิน ในปี พ.ศ. 2554[5]

หลัง รัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2557 เขาได้รับการแต่งตั้งเป็น สมาชิกสภาปฏิรูปแห่งชาติ และเป็นที่ปรึกษาผู้ทรงคุณวุฒิของคณะกรรมการเตรียมการปฏิรูปประเทศ ตามคำสั่งนายกรัฐมนตรีที่ 8/2560